\documentclass[12pt,a4paper]{article}
%%%%%
% Šablona pro psaní závěřené práce na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy.
% Není nutné tuto stránku měnit.
% Automaticky exportuje do formátu PDF typu A-2u.
% Anglická verze dostupná na https://www.overleaf.com/latex/templates/charles-university-in-prague-faculty-of-science-thesis-template-english-version/vmchbsxdhdnq
%%% Užitečné odkazy:
% Odevzdávání práce: https://natur.cuni.cz/studenti/bakalarske-a-navazujici-magisterske-studium/zaverecne-prace-obhajoby-a-statni-zkousky/odevzdavani-bakalarskych-a-diplomovych-praci
% Příklad pokynů pro psaní závěrečných prací (záleží na katedře): https://natur.cuni.cz/data/users/user_83/KSGRR/sekce%20STUDIUM/Doporuceni-pro-psani-praci.pdf
%%%%%
%%% Packages %%%
% Text a PDF management
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[czech]{babel}
\usepackage{parskip}
\usepackage{setspace}
\usepackage[pdfa,unicode]{hyperref}
\hypersetup{hidelinks}
\usepackage[a-2u]{pdfx}
\emergencystretch=1em
% Tabulky a obrázky management
\usepackage{graphicx}
\usepackage{caption}
\captionsetup[table]{skip=10pt}
\usepackage{multirow}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{tablefootnote}
% Chemické a matermatické formátování
\usepackage[version=4]{mhchem}
\usepackage{amsmath}
% Ostatní
\usepackage{lipsum}
\usepackage{datetime}
\newdateformat{mydate}{\THEDAY. \THEMONTH. \THEYEAR}
%%%
%%% Úprava PDF dokument %%%
% Řádkování v dokumentu
\setlength{\parskip}{10pt}
% Velikost odsazení
\setlength{\parindent}{15pt}
% Okraje
\usepackage[a4paper, left=2.5cm, right=2.5cm, top=2.5cm, bottom=2.5cm]{geometry}
%%%
% Nastavení bibliografie
\usepackage[sort&compress,numbers,super]{natbib}
\bibliographystyle{achemso}
% Začátek dokumentu
\begin{document}
\setstretch{1.5}
\include{1_titulní_strana}
\include{2_abstrakt}
\include{3_úvod}
\include{4_metody}
\include{5_výsledky}
\include{6_diskuze}
\include{7_závěr}
\setstretch{1}
\addcontentsline{toc}{section}{Reference}
\bibliography{reference}
% Přílohy - odkomentujte (smazat %) následující 4 řádky, pokud máte přílohy
%\clearpage
%\addcontentsline{toc}{section}{Přílohy}
%\pagenumbering{arabic}
%\include{přílohy}
%%%
\end{document}